Von 1983 bis 1988 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Technischen Universität Darmstadt und der Universität der Bundeswehr München. 1989 promovierte er an dieser zum Dr.-Ing. im Bereich GPS / INS-Integration. Bis Ende 1993 war Prof. Eissfeller bei der Kayser-Threde GmbH München als Projektleiter und Leiter der Navigationsgruppe in der Entwicklung von GPS / INS-Navigationssystemen tätig. Von 1994 bis 2000 leitete der das GNSS-Labor an der Universität der Bundeswehr München und habilitierte sich 1996 für das Fachgebiet „Physikalische Geodäsie und Navigation“. Im Jahr 2000 übernahm Prof. Eissfeller schließlich die Professur für Navigation.
Der Bereich Weltraumnutzung des „Institute of Space Technology and Space Applications“ (ISTA), das Prof. Eissfeller gemeinsam mit Prof. Thomas Pany leitet, ist seit 1983 in den Bereichen globale Satellitennavigationssysteme (GNSS), präzise Positionierung, inertiale und optische Navigation und insbesondere für das europäische Satellitennavigationssystem Galileo tätig. Bereits seit vielen Jahren organisiert das Institut jährlich federführend den Munich Satellite Navigation Summit, eine internationale Konferenz mit hochkarätigen Referenten aus Politik, Wirtschaft und Wissenschaft.
Ein bedeutender Teil der derzeit gesendeten Galileo-Signalstruktur wurde vor ca. 10 Jahren am Institut unter Prof. Günter W. Hein in Kooperation mit Kollegen von anderen europäischen Einrichtungen ausgearbeitet und wird heutzutage von mehr als 100 Millionen Mobiltelefonnutzern empfangen. ISTA vertritt außerdem das Bundesministerium für Verkehr und digitale Infrastruktur (BMVI) in verschiedenen Arbeitsgruppen zu Galileo bei der Europäischen Kommission in Brüssel. Als deutscher Experte in insgesamt vier Arbeitsgruppen der Europäischen Kommission und einer Arbeitsgruppe der ESA wird Prof. Eissfeller weiterhin als "Exzellenter Emeritus" der Universität tätig sein.
Die Präsidentin der Universität der Bundeswehr München, Prof. Merith Niehuss, verlieh Prof. Eissfeller im Juli 2019 den Ehrentitel „Emeritus of Excellence“.