Jochen Martin Bernhardt studierte an den Universitäten Erlangen-Nürnberg und Heidelberg Evangelische Theologie, berufsbegleitend absolvierte er eine Ausbildung zum Kommunikationswirt für Öffentlichkeitsarbeit. 

Nach dem Zweiten Kirchlichen Examen und den ersten Stellen in Ober- und Mittelfranken war er 10 Jahre Gemeindepfarrer und stv. Dekan im Münchner Südosten. Als Personalverantwortlicher für den Einsatz kirchlicher Lehrkräfte im evang. Religionsunterricht in Bayern leitete er ein Referat im Münchner Landeskirchenamt, der „Zentrale“ der Evang.-Luth. Kirche in Bayern (ELKB). Bernhardt kennt die kirchliche Struktur, das Personalwesen, Schwerpunkte der Ausrichtung kirchlicher Arbeit sowie interne Prozesse auch aus der Innensicht.

Seit Februar 2022 ist er als Militärdekan an der Universität der Bundeswehr München in der Militärseelsorge tätig.