Zu den Forschungsgebieten von Prof. Dr. Sonja Kretzschmar zählen Innovationen im Journalismus (Multimedia-Storys, Crossmedialer Journalismus, technische Innovationen), Fernsehjournalismus, Public Service Medien und Risikokommunikation. Sie ist Mitglied im Forschungszentrum RISK der Universität der Bundeswehr München, in der DGPuK (Deutschen Gesellschaft für Publizistik und Kommunikationswissenschaft), der ECREA (European Communication, Research and Education Association) und im Expertengremium des Bayerischen Rundfunks.