Nach Abitur in Düsseldorf (1981) und Wehrdienst in Wuppertal und Rendsburg (1981/82), studierte Prof. Khan Rechtswissenschaften in Marburg, Genf und München (1982-1988), wo er auch beide Juristische Staatsexamina ablegte (1989 und 1992). Abgerundet und ergänzt wurde seine juristische Ausbildung durch Fachkurse an der "Faculté Internationale de Droit Comparé" (Straßburg 1985 - Coimbra 1987), der London School of Economics (1985) der "Academy of International Law" (Den Haag 1986), der "Academy of European Law" (Florenz 1990) sowie eine Referendarstage an der Deutschen Botschaft Neu Delhi (1991). 

Im Jahre 1996 promovierte sich Prof. Khan bei Prof. Bruno Simma am Institut für Internationales Recht/Völkerrecht (Universität München), wo er seit 1992 als wissenschaftlicher Assistent tätig war. (Titel der Dissertation: "Die Vertragskarte. Völkerrechtliche Untersuchung zu einem besonderen Gestaltungsmittel in der internationalen Recht­setzung" [C.H. Beck 1996]; ausgezeichnet mit dem Fakultätspreis). Ebenfalls in München habilitiert (Titel der Habilitationsschrift: "Die deutschen Staatsgrenzen. Rechtshistorische Grundlagen und offene Rechtsfragen" [Mohr Siebeck 2004]), wurde ihm im Februar 2003 die venia legendi für die Fächer “Staats- und Verwaltungsrecht, Völkerrecht, Europarecht, Verfassungs- und Völ­kerrechtsgeschichte” verliehen. Lehrstuhlvertretungen führten Professor Khan anschließend an die Universitäten Bayreuth, München, Kiel und Göttingen. Mit Wirkung vom 1.4.2006 ist er zum Universitätsprofessor für Öffentliches Recht, Europarecht und Völkerrecht an der Universität der Bundeswehr München ernannt worden. Seit dem WS 2007/2008 lehrt Prof. Khan zudem an der Hochschule für Politik in München. Von 2010-2015 übte Prof. Khan das Amt des Landeskonventionsbeauftragten aus und war in dieser Eigenschaft Mitglied des Vorstandes des Bayerischen Roten Kreuzes. Prof. Khan ist Lehrbeauftragter an der Juristischen Fakultät der Universität St. Gallen/Schweiz (seit 2015) und war Gastprofessor an der Faculté de Droit der Université Laval in Québec (2016). Er lehrt zudem regelmäßig in Summer Schools und in verschiedenen Weiterbildungsstudiengängen  (B.A. und M.A.).

Prof. Khan hat in den vergangenen Jahren an verschiedenen Rechtsberatungsprojekten in der Mongolei (Entwurf eines Polizeigesetzes, Aufbau der Verwaltungsgerichtsbarkeit, Menschenrechtsfragen [gemeinsam mit GTZ und Hanns-Seidl-Stiftung/Weltbank]) und Äthiopien (African Union Border Programme) sowie an der rechtlichen Begutachtung verschiedener Grenzfragen mitgearbeitet (Bodensee, Grenze zwischen Äthiopien und Eritrea, zwischen Nicaragua und Costa Rica sowie zwischen Rumänien und der Ukraine). Darüber hinaus war Prof. Khan mehrfach vor dem Internationalen Gerichtshof in Den Haag tätig, so für die Bundesrepublik Deutschland als Rechtsberater ("Adviser") in einem Rechts­streit mit Liechtenstein ("Certain Property Case" - 2001-2005) und Prozessvertreter (“Counsel”) in einem Rechtsstreit mit den USA ("LaGrand Case" - 1999-2001) sowie für die Republik Kamerun im "Case concerning the Land and Maritime Boundary between Cameroon and Nigeria" - 1994-2002). Für die letztere Tätigkeit ist ihm im Jahre 2003 der Verdienstorden der Republik Kamerun verliehen worden ("Officier du Mérite Camerounais"). Derzeit bearbeitet Prof. Khan gemeinsam mit Prof. Kristin Bartenstein (Université Laval/Québec) ein von der Bayerischen Forschungsallianz unterstütztes Projekt zur Arktisforschung.

Prof. Khan ist Mitherausgeber des weltweit führenden Kommentars zur Charta der Vereinten Nationen sowie eines Standardkommentar zum Europäischen Unionsrecht. Für beide Werke sind derzeit Neuauflagen in Vorbereitung.

Prof. Khan engagiert sich im Rahmen der universitären Selbstverwaltung als Studiendekan der Fakultät für Staats- und Sozialwissenschaften sowie als Mitglied der Ethikkommission und der Kommission für die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses der UniBW München.