Die 2000er: Bologna-Prozess und die erste Präsidentin

An der Universität führte im Jahr 2000 ein Erlass zu den Rahmenbedingungen zu Modernisierungen in Struktur und Organisation. Ein Jahr später nahmen die ersten weiblichen Offizieranwärterinnen ihr Studium an der Universität auf (zunächst Luftwaffe und Marine, ab 2004 auch das Heer). Durch die Änderung des Bayerischen Hochschulgesetzes wurde es im gleichen Jahr auch für zivile Studierende möglich, an der Universität der Bundeswehr München zu studieren. Unter der wegweisenden Präsidentschaft der Historikerin Prof. Dr. Merith Niehuss gewannen die Themen Chancengerechtigkeit, Gleichstellung, Diversität und Vereinbarkeit von Familie und Beruf an großer Bedeutung für eine dynamische Hochschulentwicklung. Die UniBw M führte neue, attraktive Studiengänge ein, die sich dezidiert auch an Frauen richten und gründete 2005 das Zentralinstitut studium plus, an dem alle Studierenden zusätzlich zu ihrem Fachstudium teilnehmen, um ihren Horizont dank Methoden und Denkweisen anderer Disziplinen zu erweitern. 2007 stellte die Universität ihre Diplom-Studiengänge nach den Vorgaben des Bologna-Prozesses auf Bachelor- und Masterstudiengänge um. Im gleichen Jahr begann auch die „Kinderuni“ in Kooperation mit der Volkshochschule SüdOst im Landkreis München, um die Kleinsten aus der Umgebung schon früh für die Welt der Wissenschaft zu begeistern. 2008 stieg die UniBw M mit dem campus advanced studies center (casc) in die akademische Weiterbildung ein, die als weitere Säule neben Forschung und Lehre etabliert wurde.

 Prof. Hans-Georg Lößl bekleidete bis 2005 das Amt des Präsidenten, auf ihn folgte, als erste Frau an der Spitze einer Bundeswehruniversität und einer Universität in Bayern, Prof. Dr. Merith Niehuss (2005 -2022). Auf militärischer Seite kümmerten sich Oberst Dr. Karl-Heinz Rambke (2000 bis 2003), Oberst Frank Rolf Debusson (2003 bis 2005), Oberst Jörg Lohmann (2005 bis 2008) und Oberst Dipl.-Kfm. Thomas Freitag (ab 2008) um die Geschicke der Soldatinnen und Soldaten.